A endoscopia é cada vez mais um método de diagnóstico (assim como por vezes terapêutico) em medicina veterinária.
A Gastroenterologia é uma área que beneficia particularmente da endoscopia, recorrendo a ela para avaliação da superfície mucosa do tracto digestivo, recolha de biopsias para histopatologia, desalojamento de corpos estranhos, etc..